História MHD v Prešove sa začala písať v roku 1949, keď bola vytvorená Miestna doprava, komunálny podnik mesta Prešova ako prevádzkovateľ pravidelnej mestskej hromadnej dopravy na území Prešova. Po skončení druhej svetovej vojny nebolo možné začať vykonávať MHD s novým vozidlovým parkom, a tak bola prijatá ponuka na zakúpenie starších vozidiel značky Tatra z prevádzok MHD v Prahe, Plzni a Bratislave. Vozidlá sa spočiatku odstavovali na nádvorí starej väznice na Konštantínovej ul., kde sídlil aj podnik. Dňa 4. septembra 1949 bola slávnostne otvorená premávka na prvých linkách. Už v prvom roku prevádzky vyšli autobusy prešovskej MHD aj za hranice mesta do obcí Šarišské Lúky, Nižná Šebastová, Haniska a Solivar.
Hneď v nasledujúcom roku pokračoval rozvoj MHD zavádzaním ďalších autobusových liniek. Na sieť hromadnej dopravy boli postupne v päťdesiatych rokoch napojené štátna nemocnica, Záhrady, Sídlisko II, Budovateľská a Čapajevova ul. ako aj ďalšie obce: mesto Veľký Šariš a jeho časť Kanaš, Malý Šariš, Ľubotice, Fintice, Teriakovce a Záborské. V roku 1959 začala premávať prvá nočná linka a podnik sídlil vo vlastných priestoroch na Petrovanskej ulici, kam sa presťahoval v roku 1951.
Rok 1958, kedy bola schválená výstavba trolejbusovej siete v meste, priniesol novú etapu rozvoja mestskej dopravy. Elektrifikovať sa mali všetky kapacitné vnútromestské linky, pričom autobusová doprava mala zostať doplnkovou. Ako prvá sa začala elektrifikovať linka č. 1, ktorá viedla z Nižnej Šebastovej cez Šarišské Lúky do Prešova a ďalej do Solivaru. Aj keď jej výstavbu zdržali viaceré technické problémy, dňa 13. mája 1962 sa cestujúci dočkali aj trolejbusov. V Šarišských Lúkach bola dokončená nová vozovňa pre trolejbusy i autobusy, kam sa presťahoval celý vozidlový park ako aj správa podniku. Čoskoro sa začali práce na ďalších úsekoch, takže v roku 1966 už trolejbusy premávali na Košickú, Sabinovskú, Budovateľskú ul. a Gottwaldovu dnes Ul. 17. novembra. V prvej polovici sedemdesiatych rokov sa predĺžila trať po Sabinovskej ul. na Dúbravu a trolejbusmi sa začalo obsluhovať aj priemyselné Širpo. Ďalšie projekty tratí na Sídlisko III, Šváby, do Hanisky a na Delňu sa už uskutočniť nepodarilo. Pod vplyvom lacnej ropy sa aj v Prešove začali presadzovať vo väčšej miere autobusy.
Autobusová doprava zaznamenávala kvantitatívny rozvoj, keď autobusy začali premávať aj na Táborisko, Šidlovec, Cemjatu, na ul. Pod Kamennou baňou a Sídlisko III. Po stránke kvality však tento druh dopravy zápasil s neustálymi ťažkosťami ako nedostatok vozidiel, ich malá kapacita a poruchovosť. Tieto nedostatky sa podarilo postupne prekonať až koncom sedemdesiatych rokov. Napriek tomu sa pre nevybudovanie trolejbusovej trate na Sídlisko III, ktorého obsluha bola v tom čase rozhodujúca, naplno presadili autobusy.
Obdobie prelomu sedemdesiatych a osemdesiatych rokov, kedy možnosti MHD výrazne limitoval nedostatok pohonných hmôt, poukázali na vhodnosť trolejbusovej dopravy. Po prehodnotení na úrovni vlády sa pristúpilo k opätovnému elektrifikačnému programu. Ako prvé bolo na sieť trolejbusovej dopravy pripojené Sídlisko III (rok 1985). Trolejbusy dosiahli väčšinový podiel na výkonoch MHD na území mesta Prešov po roku 1992, kedy bola zavedená trolejbusová doprava aj na najväčšie sídlisko Sekčov.
Otázka tarify bola v Prešove vždy charakteristická neustále sa meniacim počtom tarifných pásiem, na základe ktorých sa stanovovali sadzby za jednotlivé jazdy. V roku 1949 existovali tri tarifné pásma, pričom na jeden cestovný lístok bolo možné prestúpiť aj do iného vozidla. V roku 1969 boli prestupy s jedným lístkom zrušené a počet pásiem sa redukoval na dva. Od roku 1984 sa vládnym výmerom zjednodušila tarifa a akékoľvek delenie siete na pásma neexistovalo. Odlišné sadzby cestovného pre cestovanie do priľahlých obcí sa zaviedli opätovne v roku 1993 a existovali až do roku 1996. Osobitné sadzby platili aj v rokoch 1997-99 a od roku 2000 znova. Cestovné lístky sa pôvodne kupovali u sprievodcu priamo vo vozidle, neskôr ich predával vodič, resp. bol vo vozidle inštalovaný prístroj na výdaj cestovných lístkov. V roku 1977 sa zaviedol predaj cestovných lístkov mimo vozidla. Od roku 1995 je opäť možné zakúpiť si cestovný lístok aj u vodiča, ale za zvýšenú cenu.
MHD je skvalitňovaná postupnou obnovou vozidlového parku, zameranou na nízkopodlažné vozidlá, zavádzaním počítačovej techniky do riadenia prevádzky ako aj rekonštrukciami traťových úsekov trolejbusovej dráhy a generálnymi opravami vozidiel.
V budúcnosti sa počíta s rozširovaním ekologickej trolejbusovej dopravy, na Sídl. Šváby a druhým prepojením centra mesta a Sídl. Sekčov po ulici Rusínskej.